In 2000 waren er al tachtig concerten per jaar te noteren. Niettemin waren de bezuinigingen nog steeds voelbaar en Baroeg had al een paar keer op de rand van de financiële afgrond gestaan. Terwijl nieuwe bedreigingen voor de deur stonden, zoals de geringe steun van de deelgemeente en belastingproblemen. Stug doorgaand vierde Baroeg in 2001 toch het 20-jarig bestaan.  

Het voortbestaan van Baroeg werd in april 2001 opnieuw bedreigd door bezuinigingen van de gemeente. Dat kwam door de onregelmatigheden in de boekhouding die in het jaar 2000 werden geconstateerd, een bedrag van 37.000 euro was op onverklaarbare wijze  verdwenen. Hierop kreeg het jongerencentrum een subsidiekorting van de deelgemeente IJsselmonde. De vijftig medewerkers en hun verrassend grote achterban waren echter duidelijk: “Baroeg moet blijven.” In een reeks benefietconcerten traden ruim 130 bands op voor het behoud van Baroeg. Daarnaast verschenen twee benefiet-cd’s. In 2001 werd Baroeg door de Vereniging Nederlandse Poppodia en -Festivals (VNPF) onderscheiden met de titel ‘Nederlands podium van het jaar’ vanwege de doelgroepgerichte en consequente programmering. 

Leon van Rijnsbergen nam in 2003 de programmering geheel over van René Veerkamp. Een succesvolle boeking dat jaar was een van de eerste clubshows van Epica. 

In 2006 waren in het weekend alleen vrijwilligers aan het werk.  In het begin van hetzelfde jaar stopte de deelgemeente IJsselmonde de subsidie aan Baroeg. Hierdoor moest Baroeg het betaalde vaste personeel ontslaan: coördinator-programmeur René Veerkamp en publiciteitsleider & dansprogrammeur Sven van Kruistum. Leon werkte inmiddels naast zijn reguliere baan als freelance-programmeur bij Baroeg, hij stuurde alleen een factuur na een winstgevende productie. Vrijwilligers hielden de boel verder draaiende, een geweldige prestatie. 

Bestuursvoorzitter en coördinator Chris Spaanenburg wilde in het kader van 25 jaar Baroeg een buitenfestival op poten te zetten. Hij slaagde daarin. De eerste editie van Baroeg Open Air (BOA) vond plaats op zaterdag 2 september 2006 in het Spinozapark, met de zaal van Baroeg als tweede podium. Leon boekte de gitaarbands en Marco van Belle de elektronische acts. Het bleek een goed werkend, uniek concept. Na de tweede editie in 2008 werd het festival naar het Zuiderpark verplaatst, het park naast Baroeg was niet berekend op de productie die steeds groter werd. 

Op bestuurlijk niveau waren er in 2007 ondertussen grote stappen gezet, met name op het gebied van ‘lobbywerk’ bij de gemeente Rotterdam. Dat leidde tot een incidentele ‘professionaliseringssubsidie’ van de dienst Kunst en Cultuur (dKC) in 2008. Hierdoor kon Baroeg per 1 maart 2008 weer betaalde staf aannemen. Leon werd weer regulier betaald. 

In juni 2007 was er een barkruk incident met helaas dodelijke afloop te betreuren. Baroeg werd uiteindelijk 3 maanden gesloten. In de periode 2009-2012 werd Baroeg voor het eerst opgenomen in het Cultuurplan van de gemeente Rotterdam. Baroeg kreeg eindelijk structureel stedelijke subsidie, wat de start zou zijn van een lange periode als cultuurplaninstelling. Dat gaf meer financiële zekerheid en kwam de continuïteit ten goede.